Ametyst je trojdielny kryštálový systém, kryštál je šesťuholníkový stĺpcový, valcová plocha je priečna, má ľavý tvar a pravý tvar, veľmi rozšírený je dvojkryštál.Tvrdosť je 7. Kryštál často obsahuje nepravidelné alebo okrídlené plynno-kvapalné inklúzie.